В каких языках существует разделение на долгие и краткие гласные.

в эстонском, наверняка есть ну ооооочень длинные гласные

Китайский, японский. Вот японский точно. А, ну например слово по-разному произносится, т. е. с длинными гласными и с краткими. Блин, что-то так не сообразить сразу..) Это про яп. яз. 学校　гаккоо (школа), а есть はこхако (коробка). И интонация бывает разной и долгота гласных тоже и другое есть в яп. яз. В китайском тоже интонация огромную роль играет, но не счет долготы.... Не уверена, если честно). Не обращайте внимание, что написала одно слово китайскими иероглифами, а другое по-другому... Я пока кандзи еще просто не знаю как записать второе слово).

В венгерском каждая гласная имеет долгую пару - a (произносится как безударное о) - á, e - é, u - ú, ü - ű и т. д, причём они имеют смыслоразличительное значение. Hat - шесть, но hát - спина, например.
В латышском и литовском тоже есть. Māja - дом, mājā - в доме.

В большинстве древних и в, как минимум, половине современных.