Где находятся настройки vlc player в Linux

Ты не поверишь, но они находятся в пункте VLC Player - >Настройки

Системные настройки или настройки пользователя?
Настройки пользователя для всех программ обычно хранятся в скрытых папках в домашней папке пользователя. Папка считается скрытой, если её имя начинается с точки.
Поищи что-то вроде этого:
/home/user/.vlcplayer/