Нужна ли большая буква в словосочетании отдел "Фармацевтика" ?

нет

Если это НАЗВАНИЕ отдела - тогда нужна БОЛЬШАЯ

Если это просто сочетание - тогда необходимо правильно написать:

1 - если это место, где работает человек по профессии Фармацевтик -- будет -- Отдел фармацевтикА

2 - Если это ИМЕННО ОТДЕЛ - необходимо поменять и писать - Отдел фармацевтикИ