Стены полагается шпатлевать вровень с выступающей пластиковой окантовкой окна, или снимать и шпатлевать под ней?

под наличниками

Лучше снять.

наличник или F профиль?

шпаклевка вообще то предназначена для заполнения мелких неровностей. чтобы достич гладкости поверхности. Для выравнивания используют сухую штукатурную смесь