Нужно ли платить налоги с продажи продавцу если он владеет машиной более 3 - х лет?

Нет , не нужно.
От уплаты налога с продажи освобождаются граждане РФ, которые владели автомобилем более 3 лет с момента приобретения.
При этом сумма продажи может быть любой . Подавать декларацию НЕ нужно.