У хойи непонятные черные точки на корнях

А то что корни полностью сгнили вас не смущает? Черенкуйте срочно растение, вы его залили, у него нет живых корней. Срезайте не жалея всё, что "отсохло" у вершков, с запасом, и всю корневую в корзину.
... а чёрные точки, уже какая-то инфекция, но она следствие переувлажнения, а не первопричина.

Залито в хлам, простите. Хойи переувлажнения не терпят, они приличную засуху спокойно перенесут, а залив, даже небольшой - нет. Горшок к тому же огромен для неё - сравните объём грунта и размер корней. Соответственно, залитая влага корнями не используется, листьям питания нет - а сами корни в постоянной сырости гниют. Если ещё и с доступом холодного воздуха - привет.
Черенкуйте, укореняйте по новой, ещё есть хорошие веточки. Лучше сразу в грунт (новый и сухой(!)), в маленькие стаканчики с большим количеством отверстий на дне. По опыту вариегатные охотнее укореняются именно в грунте, чем в воде.
Я бы попробовала параллельно спасти и основное растение - обрезав всё сгнившее с корней и тоже посадив в новый грунт в стаканчик - но это моя извечная привычка дать шанс до последнего), так что решать вам.
ПЫ.СЫ. На третьем фото растение справа внизу - та же самая история, огромный горшок, переувлажнённый грунт, может плохо закончиться.