Для исследователей наибольшую загадку представляет происхождение саамов, поскольку саамский и прибалтийско-финские языки восходят к общему языку-основе, но антропологически саамы относятся к другому типу (уральский тип, лапоноидная группа) , чем прибалтийско-финские народы, говорящие на языках, находящихся к ним в наиболее близком родстве, но главным образом имеющие балтийский тип. Для разрешения этого противоречия с XIX века было выдвинуто много гипотез. Саамский народ, вероятнее всего, происходит от пришедшего в земли Скандинавии в ранненеолитическую эпоху (после отступления ледяного покрова по завершении последнего ледникового периода) финно-угорского по своим корням населения археологической культуры комша, проникавшего в Восточную Карелию, Финляндию и Прибалтику начиная с IV тыс до н. э.

Саамский народ, по всей вероятности, образовался путём слияния многих этнических групп. На это указывают антропологические и генетически различия между живущими на различных территориях этническими группам саамов. Генетические исследования последних лет выявили у современных саамов общие черты с потомками древнего населения Атлантического побережья ледникового периода — современных басков и берберов. Таких генетических признаков не обнаружено у более южных групп Севера Европы.