написали рарппорт на увольнение, начальник отказался подписывать, перестал работать, теперь увольняют уже 2,5 месяца

Придите ткните ТК РФ :)
А так можно и административное дело завести и (!) если не ошибаюсь (!) - обязаны за 2.5 месяца еще заплатить

Через суд заставьте их заплатить за эти 2.5 месяца, уволят по-быстрому.

теперь уволят за прогул

Если вы работали согласно Трудового кодекса РФ, то после подачи рапорта (заявления, докладной - как хотите) с предупреждением об увольнении уже через две недели должны были прекратить работу и потребовать у работодателя выдачи трудовой книжки и окончательного расчета (ст. 81 и 84.1. ТК РФ) . И наличие подписи начальника на заявлении в этом случае для вас никакого значения не имеет. Если же вы оставили работу до истечения двух недель после предупреждения, не договорившись об этом с работодателем, то вас вполне могут уволить за прогул (п. 6 ст. 81 ТК РФ) . Ну, а если после подачи заявления прошло больше двух недель (хотя бы на один день!) , то ваше заявление потеряло силу и трудовые отношения продолжаются в обычном режиме. Совет - подайте новое заявление, уйдите на две недели на больничный, а по истечении их сделайте то, что сказано в начале ответа
Если же вы состояли на государственной службе в качестве аттестованного сотрудника, т. е имели специальное или воинское звание - то руководствуйтесь Положением о прохождении службы в данной структуре.