Когда употребляется should а когда ought ?

правило простое. ought to обзначает следование общепринятым моральным нормам, правилам приличия и т. п. You are ought to stand in the presence of the Queen - в присутствии королевы следует стоять. You're ought to tell truth to the court - в суде следует говорить правду.
Should намного более распространено, и его употребление более нейтральное. То есть можно сказать You should tell truth to the court - тебе бы стоило говорить в суде правду - но обратите внимание на оттенок: хочешь - говори, хочешь - не говори, твои проблемы.
То есть разница между ними примерно как между русскоязычными эквивалентами "следует" и "стоило бы".