платится ли госпошлина, если наследник прописан в наследуемой квартире, а наследодатель прописан в другой квартире

Госпошлина не платится, если наследник - инвалид и еще в ряде случаев, см. Налоговый Кодекс

физические лица - за выдачу свидетельств о праве на наследство при наследовании:
жилого дома, а также земельного участка, на котором расположен жилой дом, квартиры, комнаты или долей в указанном недвижимом имуществе, если эти лица проживали совместно с наследодателем на день смерти наследодателя и продолжают проживать в этом доме (этой квартире, комнате) после его смерти;