Зарплата генерального директора

Если ООО ведет деятельность - подписываются расходные и приходные документы, ведутся расчеты с расчетного счета, и т. д. Значит директор работает, ему должна начисляться заработная плата, а с неё естественно отчисления в фонды. Заработная плата не начисляется только учредителям ООО, а назначив себя директором ООО, учредитель стал наемным работником, тем более он еще и выполняет функции главбуха.
На начальной стадии развития ООО можно начислять минимальную оплату труда (как у бюджетников) = 5205 руб. , а в последствии довести до минимального прожиточного минимума Вашего региона. За главбуха доплачивать ничего не надо, по новому ФЗ 402, в ООО вся ответственность за ведение налогового учета возлагается на генерального директора.
Письмо о том, что заработная плата не начислялась наемному работнику (директору) можно писать при условии отсутствия ведения деятельности, такое письмо обычно требует только ФСС при сдачи квартальной отчетности.
Ну, а на сумму уплаченных взносов ПФР, ФСС, Вы можете уменьшить налог по УСН, до 50%.