Нет, ВВК именно для этого проходить не нужно. Напишешь заявление об утрате приписного, потом заплатишь штраф за халатное отношение к сохранности документа воинского учета и через некоторое время получишь дубликат.
Данные о пройденной тобой медкомиссии в военкомате в твоем личном деле. Так что, уплатив штраф, получишь дубликат, а медкомиссию будешь проходить после 18 при призыве в армию.