Должен ли учитель на диктанте 3 класса говорить ученикам запятые, если они их еще не учили?

Посмотрите на принципы оценки в младшей школе (1-4 класс) :
Ошибки:
1. Нарушение орфографических правил при написании слов, включая ошибки на пропуск, перестановку, замену и вставку лишних букв в словах;
2. Неправильное написание слов, не регулируемых правилами, круг которых очерчен программой каждого класса (слова с непроверяемыми написаниями) ;
3. Наличие ошибок на изученное правило по орфографии.
4. Существенное отступление от авторского текста при написании изложения, искажающее смысл произведения.
5. Употребление слов в несвойственном значении ( в изложении) .
Недочеты.
1. Отсутствие знаков препинания, изученных в данный момент в соответствии с программой; отсутствие точки в конце предложения не считается за ошибку, если следующее предложение написано с большой буквы.
2. Отсутствие «красной строки» .
3. Неправильное написание одного слова (при наличии в работе нескольких таких слов) на одно и тоже правило.
4. Незначительные нарушения логики событий авторского текста при написании изложения.

По этим требованиям, снижается оценка только за орфографические ошибки на уже изученные правила. А будет или нет учитель диктовать знаки препинания - зависит от методики. Возможно, даже сам поставит их в работе ученика. Но оценку из-за этого снизить не имеет права.