Вопрос юристам или финансистам

Подскажите! У нас такая ситуация: предприниматель с 2003 г по октябрь 2005 г. деятельности не вел. В 2003 г. взял кредит в банке для ведения предпринимательской деятельности, но деятельность не получилась и он свой кредит передал предприятию по договору беспроцентного займа. Когда подходило время оплаты %%, предприятие перечисляло ему требуемую сумму, а бухгалтер (по ошибке или по не знанию) писала в назначении платежа например, "оплата за щебень или ГСМ, в т.ч. НДС ....". Когда ошибка была обнаружена мы написали в банк письма с просьбой считать прежнее назначение платежа неверным, а считать верным "возврат займа по договору беспроцентного займа". Банк у нас эти письма принял, но в своей компьютер по техническим причинам изменения не внес. При проверке ИФНС решила, что предприниматель таким образом решил скрыть свои доходы, и все эти суммы ИФНС поставила ИП в доходы и обожила всеми налогами, но на самом деле доходов никаких не было. Теперь видимо нам грозит судебное разбирательство. Что посоветуете?